一、組織架構

二、組織職掌

本中心設有動物、植物、棲地生態、經營管理、解說教育等5組，低、中、高海拔等3個試驗站以及秘書、主計、人事等3個室，業務職掌如次：
動物組：特有動物之分布、族群數量、形態、行為、繁殖、保存方法等之調查研究事項。
植物組：特有植物之分布、族群數量、形態、行為、繁殖、保存方法等之調查研究事項。
棲地生態組：特有生態體系、棲息地有關地質、水文等生態調查研究事項。
經營管理組：研究用特有動植物之飼養、培育、動原保存、典藏、繁殖、復育，試驗站管理及配合其他組之研究事項。
解說教育組：研究保育成果之發表與宣導、保育資訊之建檔管理、生態教育教材之製作、推廣、服務、展示、觀摩等事項。
秘書室：研考、議事、公共關係、文書、檔、印信、出納、事務管理、財產管理及其他不屬各組、室之事項。
主計室：辦理歲計、會計及統計事項。
人事室：辦理人事管理事項。