臺灣大蹄鼻蝠	臺灣小蹄鼻蝠	臺灣葉鼻蝠
黃頸蝠	臺灣管鼻蝠	臺灣鼠耳蝠
寬吻鼠耳蝠	臺灣長耳蝠	刺鼠
臺灣獼猴	臺灣森鼠	細尾長尾鼩
高山白腹鼠	臺灣山羊	白面鼯鼠
高山田鼠	臺灣煙尖鼠	長尾麝鼩

特有亞種

臺灣鼴鼠	山階氏鼩鼱	臺灣灰鼩鼱
小麝鼩	崛川氏棕蝠	山羌
臺灣狐蝠	無尾葉鼻蝠	渡賴氏鼠耳蝠
臺灣野兔	穿山甲	臺灣小鼯鼠
大赤鼯鼠	華南鼬鼠	長吻松鼠
條紋松鼠	臺灣黑熊	黃喉貂
鼬獾	臺灣野豬	白鼻心
麝香貓	臺灣雲豹	臺灣梅花鹿
水鹿

深山竹雞	黑長尾雉	烏頭翁
臺灣藍鵲	栗背林鴝	紫嘯鶇
金翼白眉	藪鳥	紋翼畫眉
白耳畫眉	冠羽畫眉	火冠戴菊鳥
黃山雀	藍腹鷴	臺灣蒿樹鶯

特有亞種

松雀鷹	大冠鷲	鳳頭蒼鷹
竹雞	環頸雉	棕三趾鶉
灰胸秧雞	灰腳秧雞	綠鳩
紅頭綠鳩	金背鳩	斑頸鳩
草鴞	黃嘴角鴞	蘭嶼角鴞
鵂鶹	五色鳥	綠啄木
大赤啄木	小啄木	小雲雀
白環鸚嘴鵯	白頭翁	棕耳鵯
紅嘴黑鵯	棕背伯勞	朱鸝
大卷尾	小卷尾	八哥
橿鳥	樹鵲	鷦鷯
岩鷯	白眉林鴝	鉛色水鶇
白頭鶇	小翼鶇	白尾鴝
小剪尾	畫眉	大彎嘴畫眉
小彎嘴畫眉	鱗胸鷦鷯	山紅頭
白喉笑鶇	竹鳥	灰頭花翼(畫眉)
頭烏線	繡眼畫眉	粉紅鸚嘴
黃羽鸚嘴	小鶯	深山鶯
黃頭扇尾鶯	褐頭鷦鶯	斑紋鷦鶯
黃胸青鶲	黃腹鶹璃	黑枕藍鶲
青背山雀	煤山雀	赤腹山雀
綠啄花鳥	紅胸啄花鳥	黑頭文鳥
朱雀	褐鷽	灰鷽

蘭嶼守宮	雅美鱗趾虎	蓬萊草蜥
南臺草蜥	臺灣草蜥	雪山草蜥
斯文豪氏氏攀蜥	短肢攀蜥	呂氏攀蜥
牧氏攀蜥	黃口攀蜥	台灣蜓蜥
臺灣滑蜥	台灣中國礲子	白斑中國礲子
臺灣蛇蜥	大盲蛇	斯文豪氏遊蛇
標蛇	臺灣標蛇	台灣鈍頭蛇
金絲蛇	菊池氏龜殼花	帶紋赤蛇
阿里山龜殼花

楚南氏山椒魚	臺灣山椒魚	褐樹蛙
面天樹蛙	臺北樹蛙	莫氏樹蛙
翡翠樹蛙	橙腹樹蛙	諸羅樹蛙

臺灣石	短吻鐮柄魚	粗首
何氏棘	臺灣白魚	高身鏟頜魚
飯島氏頜鬚鮈	短吻小鰾鮈	高身小鏢鉤
陳氏鰍鮀	中間鰍鮀	臺灣細
大鱗細	臺灣纓口鰍	臺灣間爬岩鰍
台東間爬岩鰍	埔里中華爬岩鰍	臺灣
臺灣鮠	脂鮠	櫻花鉤吻鮭
明潭吻虎	短吻紅斑吻虎	大吻虎
細斑吻虎	蘭嶼吻虎	斑帶吻虎
臺灣吻虎	南台吻虎	恆春吻虎
銳頭銀魚	臺灣馬口魚

突眼蝗	蘭嶼大葉螽蟴	短腹幽蟌
泰耶兒蜻蜓	無霸勾蜓	台灣爺蟬
台灣熊蟬	黑翅蟬	黑翅草蟬
薄翅蟬	渡邊氏長吻臘蟲	乳白斑燈蛾
一點鉤蛾	四窗帶鉤蛾	台灣窗翅鉤蛾
啞鈴帶鉤蛾	黑點雙帶鉤蛾	枯葉紋鉤蛾
埔里帶蛾	褐帶蛾	衛魯曼枯葉蛾
凹緣舟蛾	雲舟蛾	姬長尾水青蛾
紅目天蠶蛾	綠目天蠶蛾	黃豹天蠶蛾
大黃豹天蠶蛾	銀目天蠶蛾	大眉紋天蠶蛾
小鷹翅天蛾	亞洲鷹翅天蛾	榆綠天蛾
豆天蛾	鋸翅天蛾	楠六點天蛾
栗六點天蛾	大背天蛾	盾天蛾
波紋蛾科	連珠波紋蛾