| 目 名 | 科 名 | 中 名 | 學 名 |
| 有 鱗 目 | 守宮科 | 蘭嶼守宮 | Gekko kikuchii |
| 鱗趾蝎虎 | Lepidodactylus lugubris |
| 飛蜥科 | 短肢攀蜥 | Japalura brevipes |
| 牧氏攀蜥 | Japalura makii |
| 斯文豪氏攀蜥 | Japalura swinhonis |
| 蜥蜴科 | 台灣草蜥 | Takydromus formosanus |
| 雪山草蜥 | Takydromus hsuehshanensis |
| 南台草蜥 | Takydromus sauteri |
| 蓬萊草蜥 | Takydromus stejnegeri |
| 石龍子科 | 台灣滑蜥 | Scincella formosensis |
| 台灣蜓蜥 | Sphenomorphus taiwanensis |
| 蛇蜥科 | 台灣蛇蜥 | Ophisaurus formosensis |
| 盲蛇科 | 大盲蛇 | Typhlops koshunensis |
| 蝮蛇科 | 菊池氏龜殼花 | Trimeresurus gracilis |
| 黃頷蛇科 | 標蛇 | Achalinus niger |
| 台灣鈍頭蛇 | Pareas formosensis |
| 金絲蛇 | Natrix miyajimae |
| 斯文豪氏遊蛇 | Rhabdophis swinhonis |
| 目 名 | 科 名 | 中 名 | 學 名 |
| 有 鱗 目 | 石龍子科 | 中國石龍子 | Eumeces chinensis chinensis |
| 蝙蝠蛇科 | 帶紋赤蛇 | Calliophis japonicus sauteri |
| 環紋赤蛇 | Calliophis macclellandi swinhoei |
| 蝮蛇科 | 阿里山龜殼花 | Trimeresurus monticola orientalis |
| 黃頷蛇科 | 台灣標蛇 | Achalinus formosanus formosanus |
| 高砂蛇 | Elaphe mandarina takasago |
| 白梅花蛇 | Ophites ruhstrati |
| 台灣赤煉蛇 | Rhabdophis ;tigrina formosana |
| 白腹遊蛇 | Sinonatrix percarinata |
