| 目 名 | 科 名 | 中 名 | 學 名 |
| 有 鱗 目 | 守宮科 | 蘭嶼守宮 | Gekko kikuchii |
| 雅美鱗趾蝎虎 | Lepidodactylus yami |
| 飛蜥科 | 短肢攀蜥 | Japalura brevipes |
| 牧氏攀蜥 | Japalura makii |
| 斯文豪氏攀蜥 | Japalura swinhonis |
| 呂氏攀蜥 | Japalura luei |
| 蜥蜴科 | 台灣草蜥 | Takydromus formosanus |
| 雪山草蜥 | Takydromus hsuehshanensis |
| 梭德氏草蜥 |
Takydromus sauteri |
| 蓬萊草蜥 | Takydromus stejnegeri |
| 石龍子科 | 台灣滑蜥 | Scincella formosensis |
| 台灣蜓蜥 | Sphenomorphus taiwanensis |
| 蝮蛇科 | 菊池氏龜殼花 | Trimeresurus gracilis |
| 黃頷蛇科 | 標蛇 | Achalinus niger |
| 台灣鈍頭蛇 | Pareas formosensis |
| 金絲蛇 |
Amphiesma miyajimae |
| 斯文豪氏遊蛇 | Rhabdophis swinhonis |
| 蝙蝠蛇科 |
帶紋赤蛇 |
Sinomicrurus sauteri |
| 羽鳥氏帶紋赤蛇 |
Sinomicrurus hatori |
