科 名	種 名	學 名	特有種	保育等級
鰻 目
鰻鱺科	白鰻	Anguilla japonica
鰻鱺科	鱸鰻	Anguilla marmorata		☆☆
鰻鱺科	西里伯斯鰻	Anguilla celebesensis
鰻鱺科	短鰭鰻	Anguilla bicolor
鼠目
虱目魚科	虱目魚	Chanos chanos
鮭 目
鮭科	台灣鱒	Oncorhynchus masou formosanum	◎	☆☆☆
鮭科	虹鱒	Salmo mykiss
科	香魚	Plecoglossus altivelis
鯉 目
平鰭鰍科	台灣間爬岩鰍	Hemimyzon formosanum	◎
平鰭鰍科	埔里中華爬岩鰍	Sinogastronmyzon puliensis	◎	☆☆
平鰭鰍科	台灣纓口鰍	Crossostoma lacustre	◎
平鰭鰍科	台東間爬岩鰍	Hemimyzon taitungensis	◎	☆☆
鯉科	白鰱	Hypopothalmichthys molitrix
鯉科	黑鰱()	Aristichthys nobilis
鯉科	台灣白魚	Pararasbora moltrechtii	◎
鯉科	鯉魚	Cyprinus carpio
鯉科	鯁魚	Cirrhina molitorella
鯉科	高身鯽	Carassius cuvieri
鯉科	長棘	Spinibarbus elongatus	◎
鯉科	紅目	Puntius semifasciolatus
鯉科	唇	Hemibarbus labeo
鯉科	台灣鏟頜魚	Varicorhinus barbatulus
鯉科	高身鏟頜魚	Varicorhinus alticorpus	◎	☆☆☆
鯉科	高體	Rhodeus ocellatus
鯉科	革條副鱊	Paracheilognathus himantegus
鯉科	菊池氏細鯽	Aphyocypris kikuchii	◎
鯉科	屏東鱎	Hemiculter akoensis
鯉科	大鱗鱎	Hemiculter macrolepis	◎
鯉科	台灣黃魚	Rasborinus formosae	◎
鯉科	線紋氏黃	Rasborinus lineatus	◎
鯉科	大眼華	Sinibrama macrops
鯉科	短尾魚	Culter brevicauda
鯉科	短鰭魚	Culter erythropterus
鯉科	青魚	Mylopharyngodon piceus
鯉科	小	Sacrocheilichthys parva
鯉科	飯島氏頜鬚鮈	Gnathopogon iijimae	◎
鯉科	草魚(鯇)	Ctenopharyngodon idellus
鯉科	黑鰭	Chilogobio nigripinnis	◎
鯉科	圓吻	Distoechodon tumirostris
鯉科	中臺鯪	Xenocypris medius	◎
鯉科	叉尾鯪	Xenocypris schisturus	◎
鯉科	台灣石	Acrossocheilus formosanus	◎
鯉科	短吻鐮柄魚	Abbottina brevirostris	◎
鯉科	台灣	Zacco taiwanensis
鯉科	粗首	Zacco Pachyephalus
鯉科	平頜	Zacco platypus
鯉科	台灣馬口魚	Candidia barbata	◎
鯉科	鯽魚	Carassius auratus auratus
鯉科	陳氏鰍鮀	Gobiobotia cheni
鯉科	中間鰍鮀	Gobiobotia intermedia
鯉科	羅漢魚	Pseudora-sboraparva
鯉科	高體	Rhodeus ocellatus
鯉科	條	Hemiculter leucisculus
鯉科	紅鰭	Culter erythropterus
鯉科	翹嘴紅	Erythroculter ilishaeformis
鰍科	泥鰍	Misgurnus anguillicaudatus
鰍科	花鰍	Cobitis taenia
鰍科	大鱗副泥鰍	Paramisgurnus debryanus

續...

總計：14目48科164種。

註：

1.◎表台灣特有種。
2.☆☆☆瀕臨滅絕保育類。
3.☆☆珍貴稀有保育類。